La Unidad Regional Ciudad de México tiene el cometido de la investigación, difusión y formación de alta calidad desde una perspectiva amplia y comprehensiva de las Ciencias Sociales, con énfasis en Antropología Social, Etnohistoria, Historia, Lingüística, Ciencias Políticas, Sociología y Geografía. Inicia actividades en septiembre de 1973 como sede única del Centro de Investigaciones Superiores del Instituto Nacional de Antropología e Historia (CISINAH, hoy CIESAS). Sus fundadores son Gonzalo Aguirre Beltrán, Guillermo Bonfil, Arturo Warman y Ángel Palerm. Hasta 1982 fue sede única.

En 2008 se le confirió el carácter de Unidad, además, en esa fecha contaba con 71 de los 142 profesores investigadores que actualmente están distribuidos en las seis sedes ubicadas en diferentes estados de la república mexicana. De entre éstas, la unidad CDMX cuenta con el mayor número de investigadores, los cuales se agrupan en cinco áreas, cuatro de carácter temático: 1) Antropología médica, jurídica y de género; 2) Etnohistoria, relaciones étnicas y sociales; 3) procesos históricos, políticos y culturales (siglos XVI-XX); 4) cambio sociocultural, mientras que la quinta agrupa a investigadores sin un tema específico. En las áreas se discuten políticas académicas, proyectos de investigación, seminarios permanentes, coloquios, eventos especiales y las líneas de especialización de los cuatro programas de posgrado: maestría en Antropología Social, doctorado en Antropología y la maestría y el doctorado en Lingüística Indoamericana.